ในปี พ.ศ. 2428 สมเด็จกรมพระยาเทวะวงศ์วโรปการ ได้ขึ้นดำรงตำแหน่งเสนาบดีกระทรวง การต่างประเทศ โครงสร้างของกระทรวงการต่างประเทศได้รับการปรับปรุงให้ทันสมัยขึ้น โดยแรกเริ่ม ประกอบด้วยกอง จำนวน 5 กอง โดยกองการกงสุล เป็นหนึ่งหน่วยงานของกระทรวงการต่างประเทศ ในปี พ.ศ. 2435 มีการปรับปรุงโครงสร้างของกระทรวง การต่างประเทศ สถานะของกรมการกงสุล นับเป็นกองหนึ่งในกรมการเมือง และแม้ว่าจะมีการปรับโครงสร้างอีกใน พ.ศ. 2475 พ.ศ. 2503 และ พ.ศ. 2535 กิจการกงสุล ของกระทรวงการต่างประเทศ ได้ดำเนินไปโดยหลายหน่วยงานย่อยในกระทรวงการต่างประเทศ จนกระทั่ง พ.ศ. 2541 จึงได้มีการปรับโครงสร้างของกระทรวงการต่างประเทศอีกครั้ง โดยได้จัดตั้งกรมการกงสุล และรวบรวมหน่วยงานที่รับผิดชอบในกิจการกงสุลเข้าไว้ด้วยกัน เพื่อให้เกิดประสิทธิภาพในการปฏิบัติราชการ ในด้านนี้ เป็นการเฉพาะ กรมการกงสุลได้มีพิธีเปิดอย่างเป็นทางการ เมื่อวันที่ 2 กุมภาพันธ์ 2542 โดย ฯพณฯ นายชวน หลีกภัย นายกรัฐมนตรี ได้ให้เกียรติเป็นประธานในพิธีฯ